Las salas permanentes del Museo de Antropología están organizadas de manera didáctica a través de colores que resumen cuatro momentos de la prehistoria del noroeste argentino.

Cazadores Recolectores (color azul)

Abarca desde el 11000 al 2500 a.C. y trata sobre los grupos humanos que habitaron la región. Estos grupos eran nómades y se trasladaban según la disponibilidad de recursos.

Productores de Alimentos (color rojo)

Desde el 2500 a.C. al 1000 d.C. fueron grupos sedentarios que cultivaban vegetales y criaban camélidos. Vivían en pequeñas aldeas y establecieron una fluida comunicación e intercambio entre la Puna, Valles y Selvas.

Productores Especializados (color amarillo)

Entre el 1000 y 1450 d.C. fueron los grupos más representativos del NOA. En esta época se produjo un fuerte crecimiento demográfico y el surgimiento de grupos pujantes, con territorios bien controlados y definidos. Existieron especialistas que elaboraron bienes con fines de subsistencia, ceremoniales y suntuarios. Entre estos se encuentran Tastil, Diaguitas, Atacameños, Quilmes, Tilcaras, Pulares, Omaguacas y otros.

Bienes para el Estado (color verde)

Desde el 1450 d.C. cuando llegan los Inkas, hasta la invasión de los españoles a la región en 1536 d.C., las florecientes poblaciones locales pasaron a formar parte del Collasuyu y a tributar al Estado. Los impuestos eran en bienes y trabajo. Se crea un sistema de edificios destinados a fines administrativos, económicos y religiosos.